Quando tiver esse problema ao executar o freshscan para atualizar a base de vírus, apague todo o conteúdo da pasta /usr/local/share/clamav (incluíndo o arquivo .dbLock que as vezes é criado quando esse errro ocorre) e tente executar novamente o comando freshscan.

O comando irá baixar novamente a base inteira de vírus e voltará a funcionar.