Olá pessoal,

A atualização do MySQL 4.1 para o MySQL 5.0 pode ser feita facilmente pelo WHM (cpanel).
Para fazer, siga os passos:

1 - Logue no WHM como root e clique em “Server Configuration / Tweak Settings“. Marque o MySQL 5.
2 - Rode o script /scripts/mysqlup Para ele baixar e instalar a última versão do MySQL5 disponível.
3 - Depois de completar, você deve recompilar suas bibliotecas perl, mysql e apache. Para isso execute os comandos abaixo:
/scripts/perlinstaller –force Bundle::DBD::mysql
e para o apache:
/scripts/easyapache

PS1: Você deve estar ciente que a atualização não é reversíve. Por esse motivo, faça um backup de tudo antes de executar o upgrade.
PS2: Após o upgrade, o MySQL pode não subir.
Eu executei esse procedimento no RHEL4. Não sei se em outras versão o mesmo problema ocorre. Veja o erro:
/etc/init.d/mysql start
Starting MySQLCouldn’t find MySQL manager or server        [FAILED]

Caso ocorra esse erro, edite o arquivo /etc/my.cnf fazendo a seguinte alteração:
/etc/my.cnf
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
# Default to using old password format for compatibility with mysql 3.x
# clients (those using the mysqlclient10 compatibility package).
#old_passwords=1

[mysql.server]
user=mysql
basedir=/var/lib    # <= COMENTE ESSA LINHA
old-passwords = 1

[mysqld_safe]
err-log=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

A linha que comentamos estava causando o erro. Tente iniciar o MySQL agora e tudo correrá bem.

Espero ter ajudado.

Abraços!